本发明公开了一种全自动菌包扎孔生产流水线，属于农用机械技术领域。它包括安装盘，其水平设置，所述安装盘边缘上沿周向布置有若干安装位，所述安装位用于竖直安装菌包；驱动单元，其设于安装盘底部，所述驱动单元驱动安装盘绕其轴线转动并驱动各安装位自转；扎孔单元，其有若干个，呈圆周状布置于安装盘外侧，用于对各安装位上的菌包扎孔；上料单元，其布置于安装盘外侧，将菌包安装于安装位上；下料单元，其布置于安装盘外侧，取下扎孔后的菌包。本发明集上料、扎孔及下料一体化，自动化程度高，能同时对多个菌包进行扎孔操作，且配合各安装位的公转及自转动作，能同时对各菌包进行多方位的均匀扎孔，确保高效、高质量扎孔，代替了人工操作。