本发明提出一种高温稳定的玻璃基燃料电池质子交换膜及制备方法，将萤石粉体、含硼原料、含铝原料、氟硅酸钠粉体和二氧化锰混合均匀后投入玻璃窑炉进行熔制，然后将熔融的玻璃液引流至玻纤网形成薄膜，冷却定型后通过激光预制微孔玻璃，为磺化聚醚醚酮提供固定网络，同时通过单体聚合形成聚酰亚胺的过程将磺化二氧化硅、磺化高岭土固定在微孔玻璃内，制备得到由聚酰亚胺保护，微孔玻璃固定的高温稳定的玻璃基燃料电池质子交换膜，本发明提供上述方法克服了现有磺化聚醚醚酮用于质子交换膜在高温工作条件下易被溶胀破损的缺陷，使得质子交换膜的保水性、质子传导性和机械强度提高，适合在150‑200℃的高温下稳定工作。