本发明公开了一种制备砂浆的方法，包括如下步骤：S1：培养液的制备；S2：菌液的制备；S3：生物砂浆营养液配制；S4：生物砂浆制备，依次灌浆5‑9轮，每轮灌浆包括菌液注入和营养液注入两个过程，过程一和过程二重复5‑9次，完成5‑9轮灌浆，灌浆完成后拆除PVC盖子(4)、砂柱(5)和土工布(6)，得到生物砂浆。本发明还公开了一种生物砂浆制备装置，包括储液室，所述储液室通过管道连接有蠕动泵，所述蠕动泵通过管道连接有砂柱，所述砂柱的上下端均设有盖子，所述盖子与所述砂柱之间设有土工布。本制备方法通过改善营养液的成分组成，加入有机碳源，不仅能够提供微生物诱导碳酸钙沉淀需要的碳源，而且能够为生物生长提供能量。