本发明公开了一种透明聚酰亚胺薄膜的制备方法，具有以下步骤：①将含氟二胺加入到氮气或惰性气体保护的极性非质子溶剂中，在10‑50℃下，搅拌使其完全溶解后，加入共聚酸酐和一定摩尔分数的脂肪族酸酐，控制二胺与酸酐的摩尔比为1：1‑1.02，反应6‑24小时，得到透明的聚酰胺酸溶液；②将步骤①得到的聚酰胺酸溶液以预定厚度均匀涂敷在洁净的衬底上，然后置于真空烘箱中进行程序升温至一定温度除去溶剂并进行热亚胺化，待真空烘箱温度降至环境温度后，取出玻璃板，脱模，干燥，得到透明聚酰亚胺薄膜。本发明制得的透明聚酰亚胺薄膜具有高透明性、优异热稳定性和良好的力学性能。