陶瓷填充聚四氟乙烯微波复合介质基板的制备方法，包括以下步骤：1)二氧化硅陶瓷粉体烘干后，加入到双氧水和浓盐酸的混合液中，升温至50～70℃，得到悬浮液；2)悬浮液抽滤，然后在真空环境下干燥；3)步骤2)所得二氧化硅陶瓷粉加入去离子和无水乙醇的混合溶液，调节PH值为3～5，按二氧化硅陶瓷粉重量比1.0％～2.5％称量偶联剂，球磨混合均匀得到混合料；4)混合料过滤，干燥，得到改性二氧化硅陶瓷粉；5)将改性二氧化硅粉体、短切玻纤和聚四氟乙烯球磨混合后破乳得到面团；6)对面团成型，热压烧结。本发明所制备的陶瓷填充材料具有低介电常数(ε＝2.94)，超低介电损耗(tgδ<0.0008，10GHz)，吸水率低(<0.02％)，热膨胀系数较小(<20ppm/℃)。