本发明公开了一种制备疏水蛋白质的方法，步骤为：1）取干燥的蛋白质原料100份，加入100‑500份溶剂，再加入1‑40份催化剂，于30‑90℃，100‑300转速/分钟，搅拌0.5‑2h；控制温度50‑90℃，逐步滴加改性剂1‑50份，继续反应1‑3h；2）冷却至室温，加入100‑800份冷甲醇，洗涤，干燥后得到疏水蛋白质。本发明的疏水蛋白质制备工艺简单、成本低廉，且使用的反应溶剂能够回收再利用。此外，本发明的疏水蛋白质在生物降解材料领域具有广泛的应用前景，能够降低对石油基材料的依赖，有利于保护生态环境。