适用于共形基底表面镀膜的磁控溅射镀膜装置相对运动机构及其镀膜方法，涉及一种磁控溅射镀膜装置相对运动机构及镀膜方法。目的是解决磁控溅射装置在共形结构表面均匀镀膜难度大的问题。机构由活动样品台和摆动靶头构成；摆动靶头中靶头轨道的槽底部由左端向右端上升的阶梯，相邻阶梯为弧形过渡面；靶头支架的行走轮设置在靶头轨道内。装置中靶头支架沿着靶头轨道的槽底部前后移动过程中会上下摆动，靶头支架同时会带动靶头前后移动和上下摆动，使靶头的朝向发生改变；实现共形基底表面镀膜。装置免去了掩膜板的使用，进而提高了沉积速率，解决共形表面的均匀镀膜问题。本发明适用于共形基底表面镀膜。