本发明实施例公开一种轨道交通调度指挥系统及方法，所述系统包括：应用服务器、工作站、编辑工作站、以及多个单线自动列车监控系统；多个单线自动列车监控系统用于对各自运营线路上的列车运行进行控制，并通过接口设备与应用服务器连接；编辑工作站与应用服务器连接，用于编辑整个路网和/或各运营线路的运营计划；工作站与应用服务器连接，用于监控各运营线路的运营信息、对应用服务器下达控制指令；应用服务器用于获取各运营线路的运营信息、执行控制指令、并向各单线自动列车监控系统下发运营计划。本发明实施例公开的轨道交通调度指挥系统，可实现多条线路的调度指挥、整个路网的运营状况实时监督、计划组织以及不同线路间的跨线调度指挥。