本发明提供了一种列车运行控制方法及系统，所述方法包括：在列车在停站期间提前发车时，车载设备发送提前发车通知消息至综合监控中心，综合监控中心根据所述提前发车通知消息中的发车时间提前量及每个站间的节能数据进行时间分配，以节能效果最佳为目标将所提前的时间分配至一个或多个站间，以增加所述一个或多个站间的运行时间，根据增加的运行时间获取对应的预设驾驶策略；综合监控中心将站间的运行时间和所述预设驾驶策略发送至车载设备，以使车载设备根据预设驾驶策略计算行车曲线，降低运行速度、减少牵引或者增加惰行时间，从而达到节能效果。