本发明提供了一种城市轨道交通中列车跨线运行的切换方法及系统，将列车当前线路的车载电子地图数据存储在且车载系统中的一个内存分区内；若列车运行在当前目标线路中时收到线路变更指令，则根据线路变更指令获取待变更目标线路的车载电子地图数据，并在运行至当前线路与待变更目标线路的分界点前，将待变更目标线路的车载电子地图数据存储在车载系统中的另一个内存分区内；在列车运行至当前线路与待变更目标线路的分界点时，根据待变更目标线路的车载电子地图数据运行待变更目标线路。本方法避免了跨线对列车运行和乘客乘车体验产生的负面影响，可靠且高效地实现了城市轨道交通中基于无线通信控制的列车无缝衔接的跨线运行。