本发明提供了一种列车运行偏离情况分析方法和系统，属于轨道交通列车运行控制技术领域，该方法选择所需处理的列车运行数据文件，对数据文件做预处理，读取所有列车在各个站的运行偏离数据并按时间长短划分，将划分的各列车运行偏离数据以车站和时间坐标在界面展示并标注不同颜色以示区分，通过运筹学中追溯关键路径的方法有效定位列车初始延误位置并在界面中标记，最后将列车初始延误信息打印出来。本发明通过对列车运行数据进行读取和处理，将列车运行偏离情况在界面可视化展示，有效定位了列车的初始延误位置，并做了标记和打印，从而对分析列车运行偏离提供了便利。