本发明公开了一种防冒进信号的高速列车自动驾驶控制系统及控制方法，属于高速列车自动驾驶系统技术领域，该系统包括列车运行曲线生成模块，用于生成高速列车的期望运行控制曲线；列车位置耦合模块，用于根据期望运行控制曲线获取列车的距离时间耦合信息；列车速度耦合模块，用于根据期望运行控制曲线，结合距离时间耦合信息，获取列车的速度时间耦合信息；列车加速度控制模块，用于根据速度时间耦合信息控制列车的加速度。本发明通过生成ATP防护曲线下的列车运行控制曲线实现了高速列车的自动运行；同时，通过ATP和ATO数据的有机融合，避免了高速列车的超速超距运行，避免了因超速超距引发的误报警或紧急制动事件的发生，提高了高速列车的运行效率。