本发明公开了一种高原列车用电加热器的控制系统及方法，包括：中央处理器，以及分别于中央处理器连接的数据存储模块、温度检测模块、压力检测模块、显示模块、电加热器控制模块；其中，温度检测模块，用于检测车厢内外温度和电加热器罩表面温度；压力检测模块，用于检测列车车厢内外的空气压力；中央处理模块，用于根据温度检测模块和压力检测模块检测的数据进行列车采暖季热负荷计算、电加热器散热量计算、散热器台数初步计算与校核；电加热器控制模块，用于控制电加热器的开启台数和电加热器罩表面温度；本发明有益效果：能够保证列车内温度满足规范要求的同时确保电加热器罩表面温度不高于安全温度。