本发明提供了一种磁浮运行控制系统。该系统包括：中央运行控制系统、安全控制中枢和车载控制系统；中央运行控制系统完成磁浮列车的运行计划，实时调度、进路预置和道岔控制，生成运行参数并传输至安全控制中枢；安全控制中枢负责全线进路防护、全线牵引切断、全线道岔防护、全线驾驶顺序控制、全线列车防护、全线自动驾驶功能、全线速度曲线监控和全线定位功能，下发运行数据至全线路所有运行分区的牵引控制系统、牵引切断单元、道岔防护单元和车载控制系统。本发明采用集中统一的安全控制中枢替代原各运行分区独立的分区运行控制系统，各运行分区信号汇集于安全控制中枢，消除了相邻运行分区间的信号交互，减少信号传输故障，保障列车运行效率。