本发明提供了一种基于云计算的轨道交通列车运行控制系统。该系统包括：通过冗余通信网络连接的云计算设备和本地列控设备；云计算设备向所有本地列控设备提供实时计算和存储服务，以虚拟隔离或物理隔离方式向单一本地列控设备的单次与列车运行控制相关的计算申请同时提供冗余的多个实时计算和存储服务，计算产生冗余的多个计算结果并发送给本地列控设备；本地列控设备完成各自的安全输入、安全数据比较、列控安全计算控制和安全输出处理过程，对多个计算结果通过安全比较方式获得安全的计算结果。本发明提出了在保证安全计算平台安全性、可信性、时效性的前提下将计算环节迁移至云端的实现方法，解决了安全计算平台的计算能力及资源利用率的问题。