本发明提供了一种面向再生制动能量利用的列车运行控制方法及系统，包括：获取当前供电区间所有运行列车的运行信息，搜索离开车站前往下一车站的发车列车；计算发车列车的再生制动功率函数及其停车制动起止时间，选择发车列车对应供电区间和停车制动起止时间内的可调整列车；根据可调整列车的运行信息计算所有可调整列车的可利用再生制动功率函数，与设定的常值阈值函数进行比较，选取待调整列车；根据待调整列车的列车运行信息和速度曲线优化模型对待调整列车原有的速度曲线进行优化，得到优化速度曲线；根据优化速度曲线对待调整列车进行运行控制。本方法可将可利用的列车再生制动能量被邻次列车全部或部分吸收，提高再生制动能量的利用率。