本发明提供了一种轨道交通列车运行编组控制方法及控制系统，属于轨道交通运行控制技术领域，根据两车的间隔距离和位置信息，计算实际距离误差；结合实际距离误差，获取距离误差变换信息；根据实际距离误差和所述距离误差变换信息，确定距离耦合参数；结合距离耦合参数和两车速度信息，计算本车的实际速度误差；结合实际速度误差，获取速度误差变换信息；根据实际速度误差和速度误差变换信息，确定速度耦合参数；根据速度耦合参数，实时控制本车加速度，实现本车速度的实时调整。本发明实现了列车编队运行，同时保证列车与前行列车的相对位置误差与速度都保持在确定精度范围内，避免了编队运行而造成的潜在追尾事故，提高了列车编队运行的稳定性。