本发明涉及一种基于地铁故障及应急条件的扣车方法及系统，涉及列车运行控制技术领域。该方法包括：根据车站至故障点的车站距离对车站进行排序；根据运行列车至故障点的列车距离对运行列车进行排序；更新实时列车位置并获取列车运行状态；根据列车运行状态和车站序列判断距离运行列车最近的车站是否为空闲状态，若是则发送扣停在距离前一辆运行列车最近的车站的扣车指令；若否则发送扣停在当前位置的扣车指令。本发明利用列车运行控制系统通过故障点、车站位置、实时列车位置和运行列车的运行状态，判断是将运行列车扣停在空闲状态的车站，还是扣停在当前位置，减少行车调度指挥过程中调度人员对列车的复杂、频繁操作，提高工作效率。