本发明公开了海绵铁与微生物协同去除硫酸盐和Cu(Ⅱ)废水的方法；该方法在厌氧条件下，将海绵铁溶液A、硫酸盐还原菌的菌悬液B和铁还原丛毛单胞菌的菌悬液C以体积比为1：1：1～1：3：4混合，陈化40‑70min，反应结束后，用脱氧去离子水反复洗涤，在无菌生理盐水中浸泡；得到海绵铁与硫酸盐还原菌/铁还原菌的混合物；所得海绵铁与硫酸盐还原菌/铁还原菌的混合物与硫酸盐和Cu(Ⅱ)废水混合，常温下反应20小时以上，同时净化废水硫酸盐和Cu(Ⅱ)。本发明对Cu(Ⅱ)金属的去除率达到87％以上，所需设备简单、操作方便，反应在常温常压下完成，产物为固相，反应体系为液相，产物容易分离，适用于规模化工业生产。