本发明公开了一种新型磷酸钙基复合微球支架及其制备方法。所述制备方法包括以下步骤：将聚乙交酯-丙交酯溶于二氯甲烷中得到聚乙交酯-丙交酯溶液；将结晶磷酸钙和无水磷酸氢钙分散于聚乙交酯-丙交酯溶液，得到溶液1；将吐温-80加到液体石蜡中，得到溶液2；在搅拌状态下将溶液1加入到溶液2中去，得到复合微球；将复合微球倒入模具中，加入去离子水，脱模后于恒温恒湿箱中养护，于冷丙酮浸泡后冷冻干燥得到磷酸钙基微球支架。本发明制备的微球支架拥有三维贯通的孔隙结构，孔隙尺寸适中，力学性能好，生物相容性好，而且聚乙交酯-丙交酯降解后支架孔隙进一步增大，有利于新骨形成；制备工艺简单，原料易得，成本低廉，易于实现产业化。