本发明属于生物医药材料技术领域，公开了一种含生物可降解聚酯微球的海藻酸钙/羟基磷灰石纳米复合双载药多孔支架及其制备方法。所述方法包括以下制备步骤：将生物可降解聚酯和疏水性药物加入有机溶剂中溶解，配制得到油相；将海藻酸钠和亲水性药物溶于蒸馏水中，再加入羟基磷灰石纳米粒子分散均匀，然后加入葡萄糖酸内酯，搅拌使葡萄糖酸内酯溶解，配制得到水相；将油相加入到水相中，混合经乳化形成水包油型乳液；将乳液在室温下放置8～24小时后冷冻干燥，得到含生物可降解聚酯微球的海藻酸钙/羟基磷灰石纳米复合双载药多孔支架。本发明方法操作简单，制备条件温和，对设备要求较低，适于工业化生产。