本发明公开了一种硅表面的抗菌处理方法，包括以下步骤：(1)对硅基材料的Si(100)表面采用氢氟酸进行处理；(2)以乙醇为溶剂，溶解硅烷偶联剂，得到硅烷偶联剂溶液；(3)将含有抗菌多肽的点击反应溶液加入到步骤(2)中的硅烷偶联剂溶液中，进行点击化学反应；(4)将步骤(3)反应之后的溶液进行旋干处理，并加入水和乙醇的混合溶液重新溶解产物，得到溶液；(5)将步骤(4)得到的溶液滴加至Si(100)表面，进行固化处理，得到具有抗菌性表面的硅基材料。本发明显著提高了硅材料表面的抗菌性能，且所制备的Si(100)基底具有低的生物学毒性。