本发明公开了一种高效抗菌复合止血海绵的制备方法，包括如下步骤：S1.将海藻酸钠溶液加入氯化钠和季盐，制备得到A液；S2.在分散液中加入乳化剂，作为B液；配置4~6%的氯化钙溶液作为C液；S3.采用乳化交联法，按照水油比为1：（3~7）的体积比将A液加入到B液中，搅拌后形成乳浊液，然后将C液加入到乳浊液中反应，固化，离心，洗涤，干燥后得到多孔海藻酸盐载药微球；S4.将壳聚糖盐酸盐溶水制成水溶液，加入S2中制得的多孔海藻酸盐载药微球和止血药物，进行多次冷冻干燥后，洗涤，灭菌，得到所述止血海绵；本发明的止血海绵不仅吸水性强，能迅速止血，封堵伤口，而且还可以抑制伤口感染，有效促进伤口的愈合，规避了血栓形成风险。