本发明公开了一种三维图案化Fe3O4/医用高分子材料复合纳米纤维及其制备方法。该方法将Fe3O4纳米颗粒与溶剂超声混合，再加入医用高分子材料，得到电纺液；使用电纺液开始电纺，得复合纳米纤维；再与接收装置分离、晾干，再分割成小片，然后镊取小片并润湿，放至底部预置了铷铁硼永磁铁的培养皿中；连续镊取所得小片堆叠在培养皿中，得三维图案化Fe3O4/医用高分子材料复合纳米纤维。本发明的三维图案化复合纳米纤维不仅不会破坏静电纺丝纳米纤维原有的微观仿生结构，打破静电纺丝技术应用于组织工程支架的二维平面限制，提供了一种非接触式的高效仿生三维构建方法，而且图案化后的孔状结构有利于细胞黏附、增殖等。